A sorotipagem molecular destaca-se como uma ferramenta potente para decifrar a composição genética de estirpes bacterianas. Esta técnica avançada não só ajuda na compreensão da diversidade das populações bacterianas, mas também desempenha um papel crucial no monitoramento de amostras ambientais para patógenos como Salmonella e E. coli.
A Salmonella, por exemplo, apresenta uma diversidade biológica com mais de 2.600 sorovariedades (Ex. Enteritidis, Thypimurium, Typhi, Newport, Pullorum). Variedades que podem ser identificadas nos mais diversos tipos de amostras a partir de métodos moleculares a partir da sorotipagem molecular.
Compreendendo a sorotipagem molecular
A sorotipagem molecular envolve a caracterização genética de bactérias com base em marcadores específicos, muitas vezes genes ou sequências associadas a antígenos de superfície ou fatores de virulência.
Com o avanço das metodologias de biologia molecular, métodos baseadas no sequenciamento de DNA das bactérias (ribotipagem, sequenciamento do genoma completo (WGS) e multilocus sequence typing) são as principais técnicas utilizadas na sorotipagem molecular.
Neste artigo, abordaremos sobre a importância da sorotipagem molecular, suas aplicações e os métodos específicos empregados na identificação desses patógenos em matrizes ambientais, como água, solo e instalações de processamento de alimentos.
Sorotipagem molecular no monitoramento de amostras ambientais
O monitoramento ambiental é uma importante ferramenta para avaliação das medidas de qualidade seja no campo, no meio acadêmico ou na indústria.
Nas práticas agrícolas, por exemplo, os fatores ambientais podem influenciar a prevalência de bactérias patogênicas na água e no solo. A sorotipagem molecular, juntamente com ferramentas avançadas de bioinformática, auxilia pesquisadores e órgãos reguladores a monitorar os níveis de contaminação de sorovares no solo e a avaliar os riscos potenciais para as culturas, o gado e os seres humanos.
Outra amostra ambiental em destaque é a água. Seja potável ou de reúso, a qualidade da água é fundamental para a saúde pública. A partir da sorotipagem molecular é possível identificar as diferentes sorovariedades de E. coli, por exemplo, que é um importante indicador de contaminação fecal, e consequentemente um indicativo de qualidade da água.
Na indústria ou no meio acadêmico, a análise de sorotipagem permite a identificação de sorovares específicas de Salmonella e E. coli em instalações de processamento de alimentos, ajudando a identificar fontes de contaminação, a implementar intervenções específicas e a prevenir doenças de origem alimentar.
Sorotipagem molecular de Salmonella e E. coli
A sorotipagem molecular surge como uma ferramenta na monitorização de amostras ambientais para Salmonella e E. coli. A sua precisão, escalabilidade e capacidade de fornecer informações práticas tornam-na indispensável para garantir resultados assertivos em estudos de pesquisa, bem como garantir a segurança alimentar e a saúde pública.
A sorotipagem tem sido o núcleo do monitoramento de saúde pública das infecções há mais de 50 anos. Com o uso de sequenciamento de DNA, os avanços continuam, pois o laboratório pode encontrar informações sobre a espécie, o sorovar e o subtipo de bactérias em apenas um teste.
O FDA (Food and Drug Administration), por exemplo, é um órgão que utiliza a análise de sorotipagem molecular para verificar possíveis fontes de transmissão de sorotipos de Salmonella, em amostras do campo (ração animal, por exemplo) e em instalações de processamento de alimentos.
Sorotipagem molecular a partir de WGS
Um dos métodos mais utilizados para sequenciar isolados é o WGS (Whole Genome Sequencing). Técnica que consiste em controle de qualidade, corte e montagem de leitura, caracterização bacteriana, tipagem de cepas, caracterização de resistência antimicrobiana, identificação de variantes e análise filogenética.
O WGS da Neoprospecta proporciona não só uma identificação rápida e acurada dos sorotipos de Salmonella e E. coli, mas também a comparação direta entre os genomas sequenciados e/ou genomas de referência.
Qual o impacto da sorotipagem molecular no monitoramento de amostras ambientais?
Como já mensionado no decorrer deste artigo, a precisão da sorotipagem a partir de sequenciamento de DNA é um diferencial. Esses dados impactam positivamente na acurácia dos resultados de artigos científicos, na rápida detecção de surtos alimentares e consequentemente na redução de custos para empresas e projetos de pesquisa.
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Referências
Morais, M.E.F.; Monteiro, M.F.G.; Júnior, D.L.S.; Aquino, P.E.A.; Ferreira, S.S.; Marinho, A.D.; Saraiva, C.R.N.; Leandro, M.K.N.S.; Leandro, L.M.G.; Silva, R.O.M.; Contamination by Escherichia coli in waters from a deep well in the rural zone of Penaforte – Ceará. Revista Arquivos Científicos (IMMES). Macapá, AP, Ano 2020, v. 3, n. 2, p. 114-119 – ISSN 2595-4407
Moore, M.M.; Nucci, M.J.; Madson, S.M.; Wagley, G.S.; Keys, C.E.; Brown, E.W.; McQUISTON, J.R.; Fields, P.I.; Evaluation of a Bead-Based Salmonella Molecular Serotyping Method for Salmonella Isolated from Food and Environmental Samples. J Food Prot. 2019 Nov;82(11):1973-1987. doi: 10.4315/0362-028X.JFP-18-600.