O que é rastreabilidade de microrganismos? 

Alguns autores definem a rastreabilidade como uma forma de simplificar a localização de problemas, reduzir o volume de devolução de produtos e estabelecer responsabilidades.

Este mesmo conceito pode ser aplicado aos riscos microbiológicos, onde a rastreabilidade de determinados microrganismos na cadeia, pode permitir a identificação dos locais/etapas críticos, orientar no estabelecimento de limites aceitáveis e na implementação de medidas para o seu controle.

 

O que é monitoramento?

As Diretrizes para Aplicação do Sistema de APPCC do Códex, definem monitoramento como “o ato de realizar uma sequência planejada de observações ou medidas de parâmetros de controle para avaliar se um PCC (ponto crítico de controle) está realmente sob controle”.

O monitoramento é uma ferramenta usada para garantir o cumprimento do plano APPC

 

Quais os objetivos de um monitoramento na indústria?

  • Medir o nível de desempenho da operação do sistema no PCC (análise de tendência);
  • Determinar quando o nível de desempenho do sistema leva a uma perda de controle do PCC, por exemplo, quando há desvio de um limite crítico;
  • Estabelecer registros que reflitam o nível de desempenho da operação do sistema do PCC para cumprir o plano APPCC.

 

Limitações nas técnicas convencionais de monitoramento

O tempo é um fator limitante de muitas técnicas que precisam ser utilizadas no controle de qualidade. O método convencional, por ser bastante trabalhoso, leva um tempo considerável para apresentar resultados.

Nos casos de testes de rotina, essa característica não representa um fator tão importante, o problema é quando existe a suspeita de contaminação. Nesses casos, a resposta deve ser rápida para que as medidas necessárias – tanto para evitar a contaminação, quanto para liberar a linha de produção – sejam tomadas.

 

Técnicas moleculares para rastreabilidade de microrganismos

As técnicas moleculares baseiam-se na identificação dos microrganismos a partir do seu DNA/RNA.

O DNA genômico é obtido a partir de uma matriz e existem diferentes técnicas moleculares que podem ser aplicadas. A seleção da técnica mais apropriada depende do que se deseja avaliar, do custo, do rendimento e da reprodutibilidade (LUIZ, 2012).

As técnicas moleculares podem ser utilizadas para o rastreamento epidemiológico de cepas envolvidas em surtos e casos de toxinfecções alimentares, uma vez que possibilitam um resultado em menor tempo e são mais precisas que as técnicas convencionais.

Os agentes patogênicos são isolados na amostra do alimento e os seus perfis genéticos são caracterizados para determinar uma possível associação e definir as causas e rotas de transmissão.

Essas técnicas também podem ser utilizadas em toda a cadeia de produção a fim de identificar a fonte inicial de contaminação e permitir a adoção de medidas de controles efetivas desde o início (DIAS, 2015).

 

Abaixo, algumas técnicas moleculares aplicadas à indústria de alimentos:

Sequenciamento Completo de Genoma (WGS) – O sequenciamento de nova geração (NGS, do inglês Next Generation Sequencing) por meio da abordagem shotgun, permite examinar os genomas completos de isolados bacterianos.

O WGS pode, teoricamente, distinguir as cepas que diferem apenas de um único nucleotídeo (SALIPANTE et al., 2015).

No WGS são geradas sequências curtas a partir do sequenciamento de fragmentos aleatórios, as quais são montadas (por análise de bioinformática) formando o genoma inteiro.

O método tem se tornado cada vez mais acessível, em termos de custo; permitido diminuir o tempo de duração do sequenciamento do genoma; e fornecido dados mais detalhados e precisos, quando comparados ao PFGE, o que possibilita rastrear surtos de doenças de origem alimentar em tempo real (SALIPANTE et al., 2015; ALMEIDA, 2016; CDC, 2016).

 

Sequenciamento de amplicons por NGS – A NGS corresponde a um conjunto de diferentes métodos cujo principal avanço foi a capacidade de produzir milhões de pares de bases em uma única corrida e, também, a redução no tempo de análise e na taxa de erros (CHANG; LI, 2013; SEIFI et al., 2017).

Apesar de cada tecnologia de sequenciamento possuir estratégias diferentes, o NGS pode ser descrito em quatro passos básicos: preparo da amostra, amplificação da biblioteca, sequenciamento e análise dos dados (VARUZZA, 2013).

A preparação de bibliotecas baseadas em amplicons permite que sejam sequenciadas somente as regiões de interesse. Dessa forma, os primers podem ser projetados para evitar ou minimizar a amplificação de pseudogenes (CHANG; LI, 2013).

Os estudos baseados em amplicons geralmente centram-se em marcadores taxonômicos universais, como 16S rRNA (para bactérias), 18S rRNA (para eucariotos unicelulares) ou espaçadores internos transcritos (para fungos), com o intuito de pesquisar a diversidade microbiana e a estrutura da comunidade.

As bibliotecas de amplicons são particularmente úteis no contexto das investigações comparativas, e as correlações entre a estrutura da comunidade e os metadados podem fornecer informações sobre a dinâmica da comunidade e a adaptação dos microrganismos (VINCENT et al., 2017).

 

Informações sobre a abordagem DMD Neoprospecta

A abordagem DMD Food Plex1, por exemplo, consiste em um painel de genes marcadores, desenvolvidos especificamente para a detecção acurada, ao nível de espécie, de Salmonella enterica, Listeria monocytogenes, Vibrio parahaemolyticus, Staphylococcus aureus, Bacillus* e Escherichia coli, além de identificar de forma mais ampla as bactérias mesófilas aeróbias presentes na amostra.

Essa abordagem viabiliza o monitoramento da qualidade dos alimentos, identificando a presença dos microrganismos contaminantes compreendidos no painel Plex 1, utilizando apenas um ensaio para a obtenção dos resultados.