A bioinformática pode auxiliar na avaliação e elucidação do conteúdo genômico de isolados microbianos, bem como determinar sua semelhança com grupos de microrganismos que causam risco a saúde humana.

A contaminação microbiana dos alimentos é uma das principais fontes de problemas na indústria de alimentos, causando muitos prejuízos a saúde pública e a economia.

Alimentos como leite, carne, ovos e vegetais podem conter microrganismos patogênicos, ou seja, aqueles microganismos que são causadores de doenças.

Embora os microrganismos causadores de problemas na indústria alimentícia sejam, em maioria, as bactérias Escherichia coli O157:H7 e Salmonella, outros agentes patogênicos como outras espécies de bactérias, vírus e fungos (produtores de toxinas) contribuem para a gravidade deste tipo de problema.

No final da década de 90 na América do Norte, E. coli O157:H7 e Salmonella estiveram associadas a um surto de infecção que foram associados ao consumo de vegetais crus, como alface, espinafre fresco e tomates.

Ainda na América do Norte, mas no ano de 2006, mais de 700 pessoas ficaram doentes e quatro morreram após consumirem vegetais crus e desenvolverem quadro de infecção causadas por E. coli O157:H7 e Salmonella.

 

Tecnologia e bioinformática associada ao controle de qualidade

 

Devido ao risco de contaminação de alimentos, as empresas dos diferentes setores implementam um rigoroso controle de qualidade de seus processos e produtos, visando evitar problemas que ocasionem embargos ou recall de produtos vendidos no mercado externo e interno.

Com o avanço tecnológico, atualmente as indústrias de alimentos podem utilizar de técnicas de sequenciamento e bioinformática para atestar a qualidade de seus produtos e processos.

Análises baseadas em sequenciamento de larga escala de genes marcadores específicos de bactérias (16S rRNA) e/ou fungos (ITS), permitem identificar com precisão a abundância (quantidade) de espécies de microrganismos que comprometem a qualidade e segurança de alimentos.

Em alguns casos, como aqueles em que se sabe sobre a incidência de determinados grupos/indivíduos microbianos na contaminação de um alimento em específico (como E. Coli O157:H7 em alimentos crus, Salmonella em carne e Listeria monocytogenes em carnes, laticíneos e pescados), a bioinformática pode auxiliar na avaliação e elucidação do conteúdo genômico de isolados microbianos, bem como determinar sua semelhança com grupos de microrganismos que causam risco a saúde humana.

Em resumo, estas três abordagens que resultam da combinação das técnicas de sequenciamento de DNA e bioinformática, permitem explorar o ambiente de produção e os produtos finais, o que contribui para a detecção de lotes de produtos que apresentem contaminação por um microrganismo (como Salmonella) ou grupos de microganismos que estejam contaminando os alimentos antes destes se tornarem disponíveis ao consumidor final nas prateleiras.

 

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